Al tener reunida una colección de referencias se necesita organizarlas para facilitar su identificación y localización. A este fin están dirigidas las operaciones de edición, clasificación y búsqueda.
Cuando añadimos documentos PDF a nuestra biblioteca (File>Add Files / botón Add / arrastrar y soltar ) Mendeley los analiza y extrae sus datos bibliográficos (nombre del autor o autores, título, nombre de la revista -si fuera un artículo-, etc.),para crear una referencia.
Estos datos se pueden editar en la columna lateral derecha. Podemos editar una sola referencia o también varias al mismo tiempo.
Si el programa detecta que puediera haber errores en los metadatos o que faltan datos, lo meterá en la carpeta Needs Review, hasta que corrijamos esos datos o confirmemos que son correctos.
| Si añadimos alguna referencia de forma manual es posible que posteriormente tengamos el texto completo y queramos asociarlo a dicha referencia. Podemos adjuntar varios archivos a una única referencia. Seleccionamos la referencia y en la columna derecha, donde están los metadatos, pinchamos Files: Add File |  |
Una vez añadidas las referencias a nuestra biblioteca, las organizamos de forma personalizada, de modo que podamos encontrarlas e identificarlas con facilidad.
Tenemos las carpetas (folders) y las etiquetas (tags).
• Carpetas (folders) y subcarpetas (subfolders): columna lateral izquierda de Mendeley Desktop. Podemos renombrar y borrar las carpetas y subcarpetas seleccionándolas y con el botón derecho del ratón pulsar Rename / Remove Folder.
• Etiquetas (tags): columna lateral derecha.
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| Podemos asignar todas las etiquetas que queramos a cada referencia en la columna lateral derecha, separadas por punto y coma. En combinación con los filtros de la columna lateral izquierda (Filter by...) facilitan que con un clic encontremos grupos de documentos etiquetados de la misma manera. |  |
Pinchando en All Documents visualizamos todas las referencias de nuestra biblioteca. Del mismo modo, la selección de una de las carpetas mostrará los registros contenidos en ella.
Por defecto, visualizamos las referencias en formato tabla. En el menú View podemos cambiar la visualización para verlas aplicando un estilo de cita determinado.
Cuando añadimos información a Mendeley desde diversas fuentes puede suceder que importemos referencias duplicadas. El programa las detecta, bien en la totalidad de las referencias que tenemos en nuestra biblioteca (All Documents) o bien en una carpeta determinada o subcarpeta, y permite revisarlas y fusionarlas si están realmente duplicadas.
Las referencias identificadas como posibles duplicados se agrupan en la vista principal del panel de contenidos (columna central).
Cuando las casillas están marcadas con el signo visto √ , es que todas las referencias tienen en esos campos la misma información. Y al contrario: una casilla no marcada significa que en ese campo hay referencias que no tienen los mismos datos. Si todas las casillas están marcadas podemos pinchar en el botón Confirm Merge para unir todas las referencias del grupo en una.
Si observamos que hay referencias duplicadas que Mendeley no encuentra, las podemos unir manualmente.
Seleccionamos dos o más referencias mientras pulsamos la tecla Control y aparece el botón Merge Documents en el panel derecho. Pinchamos y seguimos los pasos normalmente
Hay dos formas de localizar referencias rápidamente en nuestra biblioteca:
a) Search (caja de búsqueda rápida, en la esquina superior derecha de Mendeley Desktop): permite buscar texto en nuestra biblioteca, dentro de una carpeta determinada o en toda nuestra biblioteca (All Documents).
b) Filtros
En la columna lateral izquierda, zona inferior, tenemos la opción de filtrar por los siguientes parámetros: autor, palabras clave del autor, nuestras propias etiquetas (tags) o títulos de revistas.
Los nombres de los archivos PDF suelen ser muy distintos de los documentos que descargamos de Internet (algunos incluso son una serie de números incomprensibles). Mendeley nos permite renombrar esos archivos para que los podamos identificar fácilmente.
Con Mendeley no tendremos que abrir primero el documento para ver su nombre, sino que podemos hacer esta tarea manual o automáticamente.
Con File Organizer se ordenan automáticamente los PDF que almacenamos en nuestro ordenador (fuera de Mendeley) en una estructura clara de carpetas y les cambia el nombre por otro cuyo formato hemos definido previamente, por ejemplo, año (Year) y título (Title) del documento.
